A város Zala megye déli részén, a Principális-csatorna mellett fekszik. Területe évezredek óta lakott. A Krisztus előtti 6. századtól a kelták telephelye Corrhudunum néven. A Kr. utáni 4. századtól avarok lakták Velika-Knyász néven. A 8. század végétől a szlávok lakhelye. „Knézsa” néven szláv fejedelmi székhely volt. A honfoglalás idején Előd vezér unokája, Csák telepedett le Cenescha területén. Nevét Nagy-Canissára az Osl család Duló nevű tagja változtatta 975-ben, akkor tért ugyanis a keresztyén hitre a várparancsnok és alattvalóinak nagy része.

A tatárok Kanizsát is rommá változtatták. A lakosság egy része elpusztult, mások rabságba kerültek, vagy elmenekültek a közeli hegyek rejtekeibe. A dúlást követően visszaszivárgók építették fel újra az oklevelekben akkor „Kenesá”-nak nevezett települést.

Kanizsa evangélikus egyháztörténeti jelentősége a reformáció koráig nyúlik vissza. Területe ugyanis a 16. század első felében házasság révén a Nádasdyak birtoka lett. Nádasdy Tamásnak, a reformáció nagy pártfogójának felesége pedig Kanizsai Orsolya volt, akinek családneve a kanizsai birtokból származtatható. A buzgó nádorcsalád oltalma alatt szilárdult meg a reformáció ezen a véghelyen is, hű támogatókra találva a kanizsai várnagyokban és tiszttartókban.

Kanizsa első ismert evangélikus lelkésze Szeremlyéni Mihály volt (1544−1551), aki a környékbeli falvakban is hirdette a reformáció tanait. 1544-ben énekeket is írt. Az „Egyiptomból kijöveteléről Izraelnek” című éneke Bornemisza Péter énekeskönyvében maradt ránk. Később Sopronba került, és ott az evangélikus gyülekezet első magyar lelkészeként működött.

1574-ben a boroszlói születésű Hosius Jakab, 1580-ban Hohenberg Farkas volt a kanizsai evangélikusok papja. A 16. században több evangélikus prédikátor is lehetett Kanizsán, de név szerint nem ismertek. Az 1599. évi adózók sorában például az szerepel, hogy az akkor ott működő evangélikus lelkész évi 2 forint összegű adót fizetett.

A török 1600-ban foglalta el a várost, de az ezt követő közel 90 éves megszállás és hadakozás idején is volt evangélikus gyülekezet a városban és a kanizsai vilajethez (török közigazgatási egység) tartozó településeken. A török ugyanis nem adott teret a vallási ellentétek szításának.

A török kiűzése után az ellenreformáció nyílt támadásba lendült Kanizsán is. Valószínű, hogy voltak evangélikusok, de nem volt szervezett evangélikus vallásgyakorlat. Evangélikusokra utaló hiteles adat csak sokkal később, 1816-ban, a régi Ferenc-rendi plébánia anyakönyvében található, amely 5 evangélikus-katolikus vegyes házasságból származó gyermek bejegyzésére vonatkozik.

A városiasodás következményeként természetesen Kanizsára is kerültek evangélikusok. Ők kezdetben a surdi és az iharosberényi lelkészek szolgálatát vették igénybe. 1825-től − Szepetnek anyaegyházzá szerveződése után − a kanizsai nevek a közelebb fekvő szepetneki gyülekezet anyakönyvében is egyre gyakoribbá váltak.

A mai gyülekezet keletkezésének időpontja 1845. június 19. Bertl Károly szepetneki lelkész jelenlétében akkor határozta el 11 férfi és egy asszony, hogy kis közösségük fiókegyházzá alakul.

A következő évben telket vásároltak a Gábor (ma Batthyány) utcában, de az imaház- és iskolaépítési tervük még nem valósulhatott meg. Csupán hatvanan voltak, s az 1848−49-es forradalom és szabadságharc eseményei is más feladatok megoldását kívánták. 1852-ben foglalkoznak újra az építkezés gondolatával, 1854-ben már téglával és cseréppel is rendelkeztek, végül épület vásárlása mellett döntöttek.

Közben a gyülekezetépítő munka eredményeként leányegyházzá alakultak, és 1856. március 30-án hivatalosan is Szepetnekhez csatlakoztak. Wéber Sámuel szepetneki lelkész minden szerdán foglalkozott a gyermekekkel, és évente 4 alkalommal tartott Kanizsán is istentiszteletet.

A Zrínyi u. 56. szám alatti házat vették meg 1857-ben, s alakították át iskolává, illetve imateremmé. 1861. szeptember 16-án ebben az épületben tartotta Péterfy Sándor − akit ma „a tanítók atyjának” neveznek − az első tanítási napot Nagykanizsán. Péterfy Sándor egyévi kiváló működés után a győri evangélikus iskolába távozott. Budapesten halt meg 1913-ban.

Utóda, Kapi Rezső két és fél évig (1862−1864) volt a gyülekezet tanítója, majd Surdra távozott. Működése idején − 1864-ben − volt a gyülekezetben az első esperesi vizitáció, amelyet Andorka János iharosberényi esperes-lelkész tartott. A vizsgálatról felvett jegyzőkönyv szerint a gyülekezethez 73 lélek tartozott, akik közül 62-en Nagykanizsán, 11-en Palinban éltek.

Kapi Rezsőt Velekay Teofil (1865−1868) követte a tanítói székben, majd Kohut Mihály (1868−1870) felavatott lelkész vette át a tanítás ügyét. Szolgálata ennél több volt, mert a rendszeres iskolai oktatás mellett vasárnaponként istentiszteletet tartott magyar és német nyelven, felváltva. Antunovácra történt lelkésszé választása miatt kanizsai szolgálata rövid ideig tartott.

A tanítói és lelkészi szolgálatot 1870 tavaszától már Kirnbauer Gyula − ugyancsak felavatott lelkész − látta el, de 3 hónapi áldásos működés után fekete himlőben elhunyt. A tragédia után Szilvágyi Gyula nemespátrói esperesi segédlelkész volt Kanizsa lelkész-tanítója 10 éven át. Közben a hívek lélekszáma növekedett. 1875-ben 140, 1880-ban 280 lélek tartozott a filiához. A lélekszám növekedésével azonban nem járt együtt a gyülekezet anyagi erősödése, amely szükséges lett volna az önállóvá váláshoz és parókus lelkész választásához. Az anya- és a leánygyülekezet kapcsolata ugyanis már csak névleges volt, és mindkét fél kereste a szétválás módjának lehetőségét. Szepetnek már 1872-ben kérte az esperességi közgyűlést a szétválasztásra. A felsőbb egyházi szervek azonban még hosszú évekig nem találták erre „érettnek” a gyülekezetet. Mindezek közrejátszhattak abban, hogy Szilvágyi Gyula 1881-ben Légrád lelkésze lett.

Szilvágyi Gyula helyére még abban az évben Hütter Lajos majosi segédlelkészt helyezte Karsay Sándor püspök. Feladatul ő is a hívek lelkigondozását és az iskola vezetését kapta. A nagykanizsai evangélikus iskola azonban 23 évi működés után, 1884-ben megszűnt. Ezt követően a lelkész a város összes állami és egyéb iskolájában ellátta az evangélikus gyermekek hitoktatását. A lélekszám közben szépen gyarapodott. 1882-ben már 120 család és benne 400 lélek alkotta a gyülekezetet. A filia „érlelődött” az önállósulásra.

Koch János kaposvári építész tervei alapján, Morandini Román helybeli építész kivitelezésében 1890 novemberében elkészült a lelkészlakás, majd a templom. A következő év első felében kialakították a templombelsőt (oltár, szószék, karzat, bútorzat), és megbízást adtak az oltárkép elkészítésére. Az oltárkép Major Jenő festőművész alkotása, és Jézus megkeresztelését ábrázolja. A templomszentelés 1891. június 28-án volt, részleteiről nem lelhető fel hiteles leírás. Az építkezés után fennmaradt adósság terheit éveken keresztül viselte a gyülekezet, de csak 1899-ben, a Zrínyi utcai ház eladásával sikerült a súlyos anyagi gondokon enyhíteni.

Gyurátz Ferenc püspök 1899-ben egyházlátogatást tett a gyülekezetben, és elismeréssel nyugtázta életképességét, sőt, az évi egyházkerületi közgyűlésen ő indítványozta Nagykanizsa anyásítását. 1900-ban a filia hivatalosan is elvált Szepetnektől, és 505 lelket nyilvántartó egyházközséggé lett. Nagykanizsán 412, szórványaiban 93 evangélikus élt. Ettől kezdve Hütter Lajos parókus lelkészként szolgálta gyülekezetét 1919 végén bekövetkezett nyugdíjba vonulásáig. Szolgálatának első felében (1907-ig) havi egy alkalommal német nyelven folyt az istentisztelet. 1908-tól sikerült elérni, hogy a város egyik iskolájában Litvay Endre személyében evangélikus vallású tanítót alkalmazzanak. Ettől kezdve ő látta el a templomban a kántori teendőket.

A gyülekezet ezalatt tovább épült lelkiekben, gyarapodott anyagiakban, és nőtt lélekszáma. 1910-ben 690-en voltak. Az anyaegyházban 589, a hozzá tartozó 7 szórványtelepülésen 101 evangélikus élt. Áldozatvállalási készségüknek köszönhetően már 1913-ban három harangot vásároltak, de hamarosan háborús célokra kellett átadniuk. Szomorúbb, hogy 14 fiatal testvérük is a háború áldozata lett. Nevüket emléktábla őrzi a templomban, a szószék mögötti falon.

A gyülekezetet és a templomot építő Hütter Lajos után Horváth Olivért − a fiatal légrádi lelkészt − választották meg a hívek. Ő hűséges szolgálatával „benépesítette” a templomot, és a „belső” építkezés mellett tovább folytatta az elődök által megkezdett külső építkezést is.

A templomot 1923-ban renoválták. 1926-ban, az első világháború idején elvitt harangok helyett, egy 403 és egy 223 kg-os harangot vásároltak, de a bagolasánci fiókgyülekezetben is volt harangavatás. Az ugyancsak háborús célra elvitt harang helyett 124 kg-os harangot vásárolt a kis közösség, amelyet az evangélikus gondnok háza előtt álló szép, vasszerkezetű haranglábon helyeztek el. Ebben az időben a gyülekezethez 410 lélek tartozott, közülük 235 volt az adófizető.

Horváth Olivér lelkészsége idején került sor a belmissziói szolgálathoz nélkülözhetetlenül fontos gyülekezeti ház (közismertebb nevén „otthon”) felépítésére is, amelynek terveit Kalmár Zoltán építész − a későbbi felügyelő − készítette. Kivitelezése ugyancsak az ő vállalkozásában történt. Felszentelésére 1931. június 14-én került sor. Az épület Sarkadi Tituszné református lelkészözvegy és a város jelentős támogatásával épült.

A gyülekezeti otthonban kapott helyett az 1910-től működő nőegylet, az 1924-ben megszervezett ének- és zenekar, az 1929-ben alakult diákszövetség, majd az 1934-ben létrejött Keresztyén Ifjúsági Egyesület (KIE) helyi szervezete. Itt tartották a bibliaórákat (leány-, fiú- és felnőttcsoportokban), a szeretetvendégségeket és a legkülönbözőbb egyházi alkalmakat.

Az anyaegyházban 1933-ban 525, a bagolai fiókegyházban 87, a szórványban (18 faluban) 215 evangélikust tartottak nyilván. Az egyházközség lélekszáma 827 volt. Az időközben nyugdíjba vonuló Litvay Endre után több alkalommal más vallású kántorok szolgálatát kellett igénybe venni. 1936-tól 1949-ig ifj. Németh Béla tanító volt a kántor, aki elődjéhez hasonlóan mindvégig nagy odaadással végezte szolgálatát, de attól az akkori társadalmi-politikai viszonyok miatt meg kellett válnia. Távozása után − rövid egy évig − Horváth Olivérné, a lelkész felesége kántorizált.

A gyülekezet 1939-ben új, Angster készítette orgonával gyarapodott, újrafestették a templom belsejét, és az északi oldalra négy külső ablak került.

Az anyaegyház nyilvántartásában 1940-ben 371 evangélikus szerepelt. Bagolasáncon 44-en, a szórványokban 79-en voltak. Az egyházközség lélekszáma 494 volt. A lélekszám csökkenésében szerepe lehetett annak, hogy a Balaton délnyugati részéről több települést Keszthelyhez csatoltak.

Horváth Olivér 31 évi hűséges kanizsai szolgálat után lemondott hivataláról, és nyugdíjba ment. Nyugdíjas éveit Pécsett töltötte leányánál. Ott is hunyt el 1957-ben.

A gyülekezet 1951 karácsony másnapján Fónyad (Fuchs) Pál iharosberényi lelkészt választotta pásztorának. Nehéz időkben kellett átvennie a szolgálatot. Az egyházi egyesületek megszűntek, de a gyermek- és ifjúsági munka nem állt meg. Olyan gyermek-istentiszteleti rend alakult ki, amelyben lényegében hitoktatás folyt. A nőegyleti munka a szeretetszolgálat gyakorlásában nyilvánult meg. A külső akadályoztató tényezők ellenére hittel és lelkesedéssel végezte szolgálatát a lelkész. Külön hangsúlyt helyezett a személyes lelkigondozásra, a beteg- és családlátogatásra, s természetesen az igehirdetésre, tanításra. Nem feledkezett meg a szórványban élőkről sem.

A gyülekezetben azonban az ő idejében sem csupán a belső építőmunka folyt. A kedvezőtlen egyházi körülmények ellenére külsőleg is építkeztek. Fónyad Pál közel négy évtizedes szolgálata alatt többször végeztek felújítást a gyülekezet épületein. 1956-ban rendbe tették a templom tetőzetét. 1959-ben 3 évig tartó felújításba kezdtek: többek között kicserélték az épületek villanyvezetékeit, a toronysisak korhadt gerendáit és a szószék gombás faalkatrészeit. Ekkor került a szószék a liturgiailag is megfelelő helyére, az oltár jobb oldalára. A legnagyobb munkát azonban az északi fal évtizedek óta észlelt, fokozatosan növekvő hibájának − a fal megrokkanásának − kijavítása és a salétromosodás elleni védekezés jelentette.

A kivitelező lelkiismeretlen munkája következtében tíz év múlva újabb, általános felújítás vált szükségessé a templomban. A felújítás azonban elhúzódott. Négy mérnöki szakvélemény ellenére is a lebontása mellett döntött Káldy Zoltán püspök és dr. Karner Ágoston főtitkár. Végül Tillai Ernő Ybl-díjas építész helyszíni szemle alapján elkészített jegyzőkönyve meggyőzte a kétkedőket: a templom fennmaradt, és megkezdődött felújítása.

A templom megáldása 1978. június 18-án volt Káldy Zoltán püspök szolgálatával. A püspök a szószékről megköszönte a gyülekezetnek a temploma megtartása melletti kiállást.

Egyidejűleg a parókián és a gyülekezeti otthonban is többféle felújítást végeztek.

Fónyad Pál 39 évi hűséges szolgálat után 1990 nyarán búcsúzott a gyülekezettől. Nem véglegesen, mert Nagykanizsán maradt az egyházi alkalmak elmaradhatatlan résztvevőjeként. Amíg egészsége engedte, esetenként szolgálatot is vállalt. Életének 93. évében szólította el az Úr, 2001. május 28-án. Hamvai a nagyatádi temetőben lévő családi sírban nyugszanak.

Az orgona megszólaltatójaként a lelkész hűséges társa volt e négy évtized alatt Héricz Jenő nyugalmazott nemespátrói tanító (1950−1954), Németh Béláné Pados Emma (1954−1960), Mesterházy Margit nyugalmazott tanítónő (1960−1980), s ismét Németh Béláné Pados Emma (1980−2000). A napjainkban is szolgáló kántor − dr. Tolnainé Demeter Csilla − 2000 májusától kíséri orgonával az éneklő gyülekezetet. Ő vezette az énekkart is, amely 1991 és 2000 között évenként több alkalommal örvendeztette meg a híveket.

Fónyad Pál utódjául Deme Dávid ostffyasszonyfa−uraiújfalui lelkészt hívták meg. Beiktatása 1990. szeptember 9-én történt dr. Harmati Béla püspök szolgálatával.

A templom teljes külső és belső felújításáért 1993-ban adott hálát Urának a gyülekezet.
Nagykanizsa és Szepetnek egyházközsége 1997. március 9-én társulási egyezményt kötött.
Új parókia alapkövét tették le 1999 tavaszán, és 2000. április 16-án már hálát adhattak azért, hogy felépült. A régi, 110 éves parókia megmaradt. Renoválása után más egyházi célra kívánják használni. 2002 őszén megtörtént a gyülekezeti otthon tetőzetének felújítása. Az épület teljes felújítását 2004-ben végezték el. A megújult épületet Ittzés János püspök szentelte fel.

Az elődök által létrehozott értékek megőrzését közhasznú alapítvány segíti.