A reformáció Zala és Somogy vármegyében gyorsan terjedt, sőt, a nyugati határ közelsége elősegítette megszilárdulását is. Az itt élő vagy birtokokkal rendelkező vezető főúri családok (Nádasdyak, Zrínyiek, Bánffyak, Széchyek, Vésseyek, Enyingi Törökök és a Batthyány család egyik ága) pártfogásának és a végvári katonaság buzgólkodásának következtében nagyobb részben már a 16. század közepére számos virágzó evangélikus gyülekezet alakult mindkét vármegyében.

A reformáció hazai terjedését nem nézte jó szemmel sem a római katolikus egyház, sem a Habsburg uralkodóház. A protestánsok elleni támadások Rudolf (1576–1608) uralkodása idején kezdődtek, és már az 1570-es évektől egyre merészebbekké váltak a Magyarországra is letelepített (1561) jezsuiták (Societas Jesu = Jézus Társaság) tevékenysége következtében. Módszerük közé tartozott az arisztokrata ifjak megnyerése. Az egyházi körök azonban nem elégedtek meg a vallásos jellegű visszahódítással, hanem mindenfajta eszközt bevetettek céljaik eléréséhez.

A magyarországi ellenreformáció lelke a jezsuita Pázmány Péter bíboros, esztergomi érsek (1616-tól) volt, aki ékesszóló prédikációival, élőszóval és a sajtó útján folytatott hitvitáival számos előkelő családot térített vissza a katolikus egyházba. Sajnálatos, hogy a hitüket elhagyók közé tartozott a reformáció nagy pártfogójaként megismert Nádasdy család későbbi sarja (III. Nádasdy Ferenc) is.
Nádasdy Ferenc – Nádasdy Tamás dédunokája, akit 1671-ben a Wesselényi-féle összeesküvésben való részvétele miatt lefejeztek – az 1643. november 25-ére összehívott csepregi lelkészgyűlésen hozta nyilvánosságra, hogy elhagyja ősei hitét, majd rögtön megindította egykori hittestvéreinek kegyetlen üldözését, templomaik elfoglalását, papjaik, tanítóik elűzését.

Nagy bajt okozott ilyen esetekben a „cuius regio – eius religio” elvének alkalmazása. Egy-egy főúr vagy nagybirtokos rekatolizálása gyülekezetek, templomok és iskolák elvesztésének sorát vonta maga után. Gyakorlattá vált a templomfoglalás és -rombolás, iskolák bezárása és elkobzása, papok és tanítók bebörtönzése, a nyilvános vallásgyakorlat megakadályozása. Az üldöztetések szenvedéseit nem tudták megszüntetni – csupán rövid időre mérsékelték – azok a felszabadító harcok és békekötések sem, amelyek Bocskai István (1606), Bethlen Gábor (1621), I. Rákóczi György (1645) és Thököly Imre (1681) nevéhez fűződnek. Különösen I. Lipót (1657–1705) uralkodása alatt szenvedtek az evangélikus és református eleink. Az 1671-től 1681-ig terjedő évtizedet a magyar protestáns egyház „gyászévtizede”-ként tartjuk nyilván.

Az 1681:XXVI. tc. a Habsburg Magyarország 11 vármegyéjére (Vas, Sopron, Pozsony, Nyitra, Bars, Zólyom, Turóc, Liptó, Árva, Trencsén és Szepes) vonatkozóan meghatározta azt a 2-2 – illetve egyik vármegyében három – helységet, ahova az evangélikus és a helvét (református) vallásúak templomot építhettek. Zala megye nem szerepelt ezek között, de benne volt abban a kivételezett 19 megyében, amelyeknek templomai az akkor azokat ténylegesen használó felekezet birtokában maradhattak. Ez kedvezően érintette néhány balatonmelléki (Dörgicse, Kővágóörs, Kapolcs) gyülekezetünket. A törvényben felsorolt véghelyekre – Zala megyében Szentgrót és Tihany volt ilyen – ugyancsak a kivételes szabályok vonatkoztak. Somogy megyét a török hódoltság miatt nem érintette ez a rendelet. Az 1701-ben megjelent királyi rendeletben az állt, hogy az országnak csak azokon a területein gyakorolható az ágostai és a helvét hitvallás, amelyek 1681-ben a király tényleges birtokában voltak. Ez kedvezőtlen volt a somogyi protestánsok számára, mert a „birodalom” a töröktől visszafoglalt megyéjüket is fegyverrel szerzett tartományának tekintette.

Az élet azonban legyőzte a paragrafusokat. Az ország – így a Dunántúl és benne Somogy – több területén is evangélikus használatban maradtak a templomok. Ez azonban nem tartott sokáig, mert a kuruc háborúkat követő 1714/15. évi országgyűlés, majd III. Károly 1731. évi rendelete, a Carolina Resolutio prima (Károly első rendelete) után – amely a protestánsok esetében különbséget tett nyilvános és magán-vallásgyakorlat között úgy, hogy az előbbit az artikuláris helyekre korlátozta, a magán-vallásgyakorlatot az egész országban megengedte – felerősödtek a templomfoglalások. Ezt a 18. század közepén egy újabb erőszakhullám követte, amelynek következményeként valóban csak az artikuláris helyeken gyakorolhatták nyilvánosan vallásukat a nem katolikusok.

Az artikuláris helyek száma, illetve fogalma azonban bővült, mert a Carolina Resolutio óta nemcsak azok a helyek számítottak artikulárisnak, amelyek a 11 vármegyében név szerint szerepeltek, hanem abban a további – ún. kiváltságos – 19 vármegyében lévő helyek is, amelyek igazolni tudták, hogy az 1681-es tc. megjelenésekor vagy azt követően – 1720 körül – templomi, imaházi vallásgyakorlatuk volt.

Somogy ugyan még így sem került a kedvezményezettek közé, de a hívek állhatatos kiállásának köszönhetően később sikerült a vármegyénél elérni, hogy Iharosberény és Surd artikuláris helyet „megillető” státusú település lett. Így lelkészeik szabadon hirdethették az igét, szolgáltathatták ki a szentségeket, temethettek. De nem zavartalanul.

A magyarországi evangélikusoknak 1681 és 1773 között 675 evangélikus templomtól kellett megválni. Ebből 40 a Zala vármegye egy részét is magába foglaló kemenesaljai egyházmegyéhez tartozott. Legtöbbjük 1732-ben lett az önkény áldozata.

A Zala megye keleti részét képező Balaton-felvidéken – amint Mindszenthy (Pehm) Józsefnek az ellenreformáció koráról készített írásából kitűnik – továbbra is éltek protestáns gyülekezetek. „Az alig 30 falut számláló tapolcai járásban 18 protestáns lelkész és 20 protestáns iskolamester működik…” – még 1752-ben is, írja. Ugyanakkor ismert, hogy a 18. század második felére – miután az 1727-ig még fennálló nemesapáti gyülekezetet is elsodorta az ellenreformáció – az akkori Zala megye területének Balatontól nyugatra eső részén nem maradt evangélikus gyülekezet.