Az üldöztetések ideje

A fentebbi esperességek mai területünket tekintve a 17. század közepére, legalábbis Musay Gergely püspök 1661-es jegyzéke szerint, a következőkre zsugorodtak össze:
A fertőmelléki (és répcemelléki) esperesség, amelynek eredetileg Fertőszentmiklós volt a központja, és amely később közvetlen püspöki felügyelet alá került azzal, hogy 1646-ban Musay Gergely nemeskéri lelkészt, Wittnyédy István soproni jegyző sógorát választották meg a kerület püspökének Kis Bertalan utódjául.

A kőszegi esperesség ekkorra lépett a régi csepregi egyházmegye örökébe.

A Sopron vidéki német esperesség, ahol Schubertéket Lang Mátyás soproni lelkész követte az esperesi tisztben, aki 1664–1682 között volt szenior. Ő az egyik leghíresebb papja volt a soproni gyülekezetnek, akit a büki zsinaton 1669-ben egyébként még szuperintendesnek is meg akartak választani; de azt rossz egészségi állapota és az ezt kiaknázó ellenzék megakadályozta.

A rábaközi esperesség, amelyhez ekkor Győr, Moson, Veszprém, Komárom és Fejér megyei gyülekezetek is tartoztak. Esperese Szentmiklósi János kajári, mihályi és ismét kajári lelkész.

A soproni jezsuiták által a 17. század közepén már bábként irányított fiatal Nádasdy Ferencnek áttérése után nagy erőszakkal kezdték el a hatóságok és a katolikus egyház a templomfoglalásokat és a lelkészek elűzését. Többek között Németkeresztúrról, Csepregről, Lékáról, Kapuvárról, Szilból, Szentmiklósról, Lozsról, Czenkről, Lövőről is sietve kellett menekülniük a lelkészeknek és espereseknek. Az addig virágzó hitélet sok megpróbáltatást szenvedett el, számos gyülekezet szűnt meg, vagy volt kénytelen szüneteltetni működését, a létszámcsökkenés miatt a már kialakult egyházkormányzati struktúra is összeomlott. Nagy érvágás volt az is, hogy körzetünkben csupán néhány hithű világi patrónus maradt, akik az evangélikusság ügyét továbbra is szívükön viselték: úgymint a soproni tanács, Lisztius János, Mankóbüki Horvát György, Horvát Ferenc, Franchich Péter, Rátky György, Görbei György, Fánchi Pál, Tevely István és György, Palonyai István, sárkányi Nagy Márton, Thuri Benedek, Tompa György, Wittnyédy János, a Kisfaludy urak, Szilvási István, Erdődy Bálintné Révay Zsófia, özv. Récsey Bálintné. A soproni országgyűlés (1681) által hozott artikuláris törvény – a „szűkítés” mellett – némiképpen visszaállította a rendi szabadságjogokat, és ezzel némi éledést hozva azt is lehetővé tette, hogy egyházmegyénként 2-2 helyen templomot építsenek az evangélikusok. Így épült nemeskéri és vadosfai templomunk, ahova mint „artikuláris" templomba a hívek hosszú éveken keresztül messze földről járhattak istentiszteletre; így a vészterhes időkben is szólhatott a lutheri tanítás szerint Isten igéje.

A környékünkön működő számos egykori egyházmegye közül tehát ebben a nehéz és hézagosan ismert időszakban az egyházkerületből a szabad királyi városi rangból adódó soproni esperesség maradhatott fenn. Nem érzem elfogadhatónak azt az egyháztörténeti álláspontot (amelyet egyébként Payr is képviselt), hogy a nagy üldöztetés és a gyászos évtized után csak három esperesség működött volna egyházkerületünkben: a győri, a kemenesaljai és 1715-től a tolna-baranyai. Ezek mellett ugyanis a soproni esperesség is szépen működött Langot követően is, akit Meiszmer Mihály követett az esperességben egészen 1723-ban bekövetkezett haláláig. A 18. század további esperesei is soproni papok voltak: előbb Pilgram János Zsigmond, majd Torkos József következett, végül Gamauf Sámuel zárja e sort az általános újjászervezésig. E korszak egyik egyházmegyénket érintő fontos eseménye a vadosfai vallási zavargás, amelynek következtében Fábri Gergely ott szolgáló püspöknek is le kellett mondania és távoznia kellett. A türelmi rendelet által aztán egyre több egyházközség éledhetett fel „százéves” álmából. A nagy eltolódások miatt át kellett gondolni a teljes szervezeti felépítményt. 1786-ra megszerveződik Gamauf Sámuel vezetésével a Felsősoproni Egyházmegye, és nem sokkal később az Alsósoproni is. 1795-től pedig már megvannak a részben latinul, részben németül és magyarul írt közgyűlési jegyzőkönyvek is.