Az ellenreformáció időszaka

Az 1600-as évek elején Pázmány Péter megindítja az ellenreformációt. Legfőbb célja a főnemesek rekatolizálása. Ebben a munkában erős támaszra és segítőtársra talál Esterházy Miklós nádor személyében, aki már fiatal korában (31 évesen), 1613-ban áttért az evangélikus vallásról a katolikusra. A fehérhegyi csata (1620) után a dunántúli főnemesek sorban áttértek a katolikus vallásra, közöttük talán utoljára (1643-ban) az ország leggazdagabb főnemeseinek egyike: Nádasdy Ferenc. Nagy valószínűséggel állítható, hogy egyikőjük sem vallási meggyőződésből tért át, sokkal inkább egyéni vagy anyagi érdekből. Az áttért főurak megkezdték birtokaikon a jobbágyság erőszakos áttérítését. Különösen Nádasdy Ferenc áttérése rendítette meg alapjaiban a vasi, de az egész dunántúli evangélikusságot. Történetírók feljegyzik, hogy a Nádasdy-birtokon, Dunántúl-szerte, közel 300 községben volt evangélikus gyülekezet és lelkész, és ezeket túlnyomó többségben át is térítette az országbíró. Nádasdy bizonyára apósa, Esterházy Miklós hatására cselekedte mindezt, hogy minél jobban kedvében járjon a Habsburg uralkodónak. A történet külön érdekessége az, hogy Nádasdy Ferenc hitehagyása után 20 évvel maga is részese lett az I. Lipót zsarnoki uralma ellen szervezkedő Wesselényi-összesküvésnek, és őt magát is, Zrínyivel és Frangepánnal együtt fő- és jószágvesztésre ítélték. A főnemesek áttérése ellenére a közép- és kisnemesség hűségesen és szilárdan tartotta magát protestáns hitében.

Nádasdy Ferenc áttérésekor Kis Bertalan volt a család udvari lelkésze, aki egyben az egyházkerület püspöke is volt. Nádasdy kiutasította őt Sárvárról, aki ekkor Répceszentgyörgyön húzta meg magát. Ott is halt meg két évvel később.

Püspökségének utolsó két évében zajlott I. Rákóczi György erdélyi fejedelem függetlenségi harca, amely a linzi békével zárult 1645-ben, ennek cikkelyeit a 1646-ban tartott pozsonyi országgyűlés iktatta törvénybe. Ezen a gyűlésen a protestáns követek visszakövetelték a katolikusok által a kerületben elfoglalt 400 templomot, melyből végül is III. Ferdinánd 90-et vissza is adott. A rendelet végrehajtására egy négytagú bizottság jött létre.

Kis Bertalan halála után két hónappal, 1646. augusztus 13-án, az egyházkerület gyűlést tartott, ahol új püspöknek Musay Gergelyt választották meg, és számba vették az erőszakos áttérítések után megmaradt gyülekezeteket. Musay pontos listát készített az elvett templomokról, lelkészlakásokról, iskolákról, tanítólakásokról, és ezt átadta a bizottságnak, sőt maga és Fábry István egyházkerületi főjegyző önszántukból csatlakoztak a bizottsághoz, és a visszakapott templomokba a püspök mindjárt prédikátort nevezett ki.

Musay püspök 1661-ben esperességenként jegyzéket adott ki a meglévő gyülekezetekről. Ebből derül ki, hogy a kőszegi esperesség területén 21 magyar anyanyelvű gyülekezet volt. Valamennyi a mai Vasi Egyházmegye területén található, de zömmel már nem evangélikus falu. Volt még ezen kívül a kőszegi esperesség területén 12 német ajkú falu, amely ma zömmel a trianoni határon kívül esik. A kőszegi egyházmegye esperese ebben az időben Godi Imre kőszegi magyar lelkész volt.

A Hegyhát és Rábamente esperességének a területén 28 evangélikus falu volt 1661-ben, esperesük Regini Márton. A kemenesaljai esperesség területén 43 faluban éltek jelentős számban evangélikusok. Esperesük Zvonarics Sámuel.

Musay feljegyezte azt is, hogy az egyes főnemesek uradalmaiban melyik faluból űzték el az evangélikus prédikátort, és térítették erőszakkal katolikus hitre a lakosságot.

A Wesselényi-összeesküvés leleplezése után I. Lipót a lázadásra hivatkozva a magyar alkotmányt felfüggesztette, és mivel annak fő okát a rebellis protestánsok mesterkedéseiben látta, kiadta a parancsot, hogy minden templomot foglaljanak el. Ez a császári parancs 1671–1681 között, a soproni országgyűlésig volt érvényben. Ez alatt az idő alatt – 1679-ben – tört ki az ostffyasszonyfai zendülés, melynek oka, hogy a Kőszegen erősen megszorongatott Szenczi Fekete István püspök Ostffy Miklóshoz Ostffyasszonyfára menekült. A püspök elfogatására Győrből erős katonaság jött, de a környékről toborzott nemesi sereg egészen addig ellenállt, amíg 1680-ban akkora túlerővel jöttek a császári seregek, hogy annak már nem tudott ellenállni a néhány száz főből álló, gyengén felfegyverzett köznemesi sereg. Ostffy Miklós a Bakonyba menekült, Szenczi Feketét pedig Szászországba menekülőben fogták el, börtönözték be, majd kényszerítették hitehagyásra. Szenczi Fekete István 1681-ig volt a kerület püspöke, őutána 1742-ig nem volt a kerületnek püspöke.